توضیحات
This work establishes linear-scaling density-functional theory (DFT) as a powerful tool for understanding enzyme catalysis, one that can complement quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) and molecular dynamics simulations. The thesis reviews benchmark studies demonstrating techniques capable of simulating entire enzymes at the ab initio quantum-mechanical level of accuracy. DFT has transformed the physical sciences by allowing researchers to perform parameter-free quantum-mechanical calculations to predict a broad range of physical and chemical properties of materials. In principle, similar methods could be applied to biological problems. However, even the simplest biological systems contain many thousands of atoms and are characterized by extremely complex configuration spaces associated with a vast number of degrees of freedom. The development of linear-scaling density-functional codes makes biological molecules accessible to quantum-mechanical calculation, but has yet to resolve the complexity of the phase space. Furthermore, these calculations on systems containing up to 2,000 atoms can capture contributions to the energy that are not accounted for in QM/MM methods (for which the Nobel prize in Chemistry was awarded in 2013) and the results presented here reveal profound shortcomings in said methods.
————————————————————–
ترجمه ماشینی :
این کار نظریه عملکردی چگالی مقیاسبندی خطی (DFT) را بهعنوان ابزاری قدرتمند برای درک کاتالیز آنزیم، که میتواند مکمل مکانیک کوانتومی/مکانیک مولکولی (QM/MM) و شبیهسازی دینامیک مولکولی باشد، ایجاد میکند. این پایان نامه مطالعات معیاری را بررسی می کند که تکنیک هایی را نشان می دهد که قادر به شبیه سازی کل آنزیم ها در سطح مکانیکی کوانتومی از ابتدا هستند. DFT با اجازه دادن به محققان برای انجام محاسبات مکانیکی کوانتومی بدون پارامتر برای پیشبینی طیف وسیعی از خواص فیزیکی و شیمیایی مواد، علوم فیزیکی را متحول کرده است. در اصل، روش های مشابهی را می توان برای مشکلات بیولوژیکی به کار برد. با این حال، حتی ساده ترین سیستم های بیولوژیکی حاوی هزاران اتم هستند و با فضاهای پیکربندی بسیار پیچیده مرتبط با تعداد زیادی از درجات آزادی مشخص می شوند. توسعه کدهای عملکردی چگالی مقیاسگذاری خطی، مولکولهای بیولوژیکی را برای محاسبات مکانیکی کوانتومی قابل دسترسی میکند، اما هنوز پیچیدگی فضای فاز را حل نکرده است. علاوه بر این، این محاسبات بر روی سیستمهای حاوی حداکثر 2000 اتم میتواند سهمی در انرژی که در روشهای QM/MM در نظر گرفته نشده است (که جایزه نوبل شیمی در سال 2013 برای آن اعطا شد) را نشان میدهد و نتایج ارائهشده در اینجا کاستیهای عمیقی را نشان میدهد. روش ها.
tag : دانلود کتاب آنزیم شناسی مکانیکی کوانتومی در مقیاس بزرگ , Download آنزیم شناسی مکانیکی کوانتومی در مقیاس بزرگ , دانلود آنزیم شناسی مکانیکی کوانتومی در مقیاس بزرگ , Download Large-Scale Quantum-Mechanical Enzymology Book , آنزیم شناسی مکانیکی کوانتومی در مقیاس بزرگ دانلود , buy آنزیم شناسی مکانیکی کوانتومی در مقیاس بزرگ , خرید کتاب آنزیم شناسی مکانیکی کوانتومی در مقیاس بزرگ , دانلود کتاب Large-Scale Quantum-Mechanical Enzymology , کتاب Large-Scale Quantum-Mechanical Enzymology , دانلود Large-Scale Quantum-Mechanical Enzymology , خرید Large-Scale Quantum-Mechanical Enzymology , خرید کتاب Large-Scale Quantum-Mechanical Enzymology ,
نقد و بررسیها
هنوز بررسیای ثبت نشده است.