توضیحات
Discover modern, next-generation sequencing libraries from the powerful Python ecosystem to perform cutting-edge research and analyze large amounts of biological data
Key Features
- Perform complex bioinformatics analysis using the most essential Python libraries and applications
- Implement next-generation sequencing, metagenomics, automating analysis, population genetics, and much more
- Explore various statistical and machine learning techniques for bioinformatics data analysis
Book Description
Bioinformatics is an active research field that uses a range of simple-to-advanced computations to extract valuable information from biological data, and this book will show you how to manage these tasks using Python.
This updated third edition of the Bioinformatics with Python Cookbook begins with a quick overview of the various tools and libraries in the Python ecosystem that will help you convert, analyze, and visualize biological datasets. Next, you’ll cover key techniques for next-generation sequencing, single-cell analysis, genomics, metagenomics, population genetics, phylogenetics, and proteomics with the help of real-world examples. You’ll learn how to work with important pipeline systems, such as Galaxy servers and Snakemake, and understand the various modules in Python for functional and asynchronous programming. This book will also help you explore topics such as SNP discovery using statistical approaches under high-performance computing frameworks, including Dask and Spark. In addition to this, you’ll explore the application of machine learning algorithms in bioinformatics.
By the end of this bioinformatics Python book, you’ll be equipped with the knowledge you need to implement the latest programming techniques and frameworks, empowering you to deal with bioinformatics data on every scale.
What you will learn
- Become well-versed with data processing libraries such as NumPy, pandas, arrow, and zarr in the context of bioinformatic analysis
- Interact with genomic databases
- Solve real-world problems in the fields of population genetics, phylogenetics, and proteomics
- Build bioinformatics pipelines using a Galaxy server and Snakemake
- Work with functools and itertools for functional programming
- Perform parallel processing with Dask on biological data
- Explore principal component analysis (PCA) techniques with scikit-learn
Who this book is for
This book is for bioinformatics analysts, data scientists, computational biologists, researchers, and Python developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems. Working knowledge of the Python programming language is expected. Basic knowledge of biology will also be helpful.
Table of Contents
- Python and the Surrounding Software Ecology
- Using Data Processing Libraries: numpy, pandas, arrow, and zarr
- Next Generation Sequencing
- Advanced NGS Data Processing
- Working with Genomes
- Population Genetics
- Phylogenetics
- Using the Protein Data Bank
- Bioinformatics Pipelines
- Machine Learning for Bioinformatics
- Parallel Processing with Dask
- Functional and Asynchronous Programming
————————————————————–
ترجمه ماشینی :
کتابخانه های توالی یابی مدرن و نسل بعدی را از اکوسیستم قدرتمند پایتون برای انجام تحقیقات پیشرفته و تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده های بیولوژیکی کشف کنید
ویژگی های کلیدی span>
- انجام تجزیه و تحلیل پیچیده بیوانفورماتیک با استفاده از ضروری ترین کتابخانه ها و برنامه های کاربردی پایتون
- اجرای توالی یابی نسل بعدی، متاژنومیکس، تجزیه و تحلیل خودکار، ژنتیک جمعیت و موارد دیگر
- کاوش تکنیک های مختلف آماری و یادگیری ماشینی برای تجزیه و تحلیل داده های بیوانفورماتیک
شرح کتاب
بیوانفورماتیک یک زمینه تحقیقاتی فعال است که از طیف وسیعی از موارد ساده استفاده میکند. -محاسبات پیشرفته برای استخراج اطلاعات ارزشمند از داده های بیولوژیکی، و این کتاب به شما نشان می دهد که چگونه این وظایف را با استفاده از پایتون مدیریت کنید.
این ویرایش سوم به روز شده بیوانفورماتیک با پایتون کتاب آشپزی با مروری سریع بر ابزارها و کتابخانه های مختلف در اکوسیستم پایتون شروع می شود که به شما کمک می کند مجموعه داده های بیولوژیکی را تبدیل، تجزیه و تحلیل و تجسم کنید. در مرحله بعد، تکنیک های کلیدی برای توالی یابی نسل بعدی، تجزیه و تحلیل تک سلولی، ژنومیکس، متاژنومیکس، ژنتیک جمعیت، فیلوژنتیک و پروتئومیکس را با کمک مثال های دنیای واقعی پوشش خواهید داد. شما یاد خواهید گرفت که چگونه با سیستم های خط لوله مهم مانند سرورهای Galaxy و Snakemake کار کنید و ماژول های مختلف در پایتون را برای برنامه نویسی کاربردی و ناهمزمان درک خواهید کرد. این کتاب همچنین به شما کمک میکند تا موضوعاتی مانند کشف SNP را با استفاده از رویکردهای آماری تحت چارچوبهای محاسباتی با عملکرد بالا، از جمله Dask و Spark بررسی کنید. علاوه بر این، کاربرد الگوریتمهای یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک را بررسی خواهید کرد.
در پایان این کتاب پایتون بیوانفورماتیک، به دانشی که دارید مجهز خواهید شد. نیاز به پیادهسازی جدیدترین تکنیکها و چارچوبهای برنامهنویسی دارید که به شما امکان میدهد با دادههای بیوانفورماتیک در هر مقیاسی برخورد کنید.
آنچه خواهید آموخت
- با کتابخانه های پردازش داده مانند NumPy، پانداها، arrow و zarr در زمینه تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک به خوبی آشنا شوید
- تعامل با پایگاه های داده ژنومی
- حل مشکلات دنیای واقعی در زمینه های ژنتیک جمعیت، فیلوژنتیک، و پروتئومیکس<. /span>
- ساخت خطوط لوله بیوانفورماتیک با استفاده از سرور Galaxy و Snakemake
- کار با ابزارهای کاربردی و itertools برای برنامه نویسی تابعی
- انجام پردازش موازی با Dask بر روی داده های بیولوژیکی
- تکنیک های تجزیه و تحلیل مؤلفه های اصلی (PCA) را با scikit-learn کاوش کنید
این کتاب برای چه کسی است
این کتاب برای تحلیلگران بیوانفورماتیک، دانشمندان داده، زیست شناسان محاسباتی، محققان و توسعه دهندگان پایتون است که می خواهند به مشکلات بیولوژیکی و بیوانفورماتیکی متوسط تا پیشرفته بپردازند. دانش کاری زبان برنامه نویسی پایتون انتظار می رود. دانش اولیه زیست شناسی نیز مفید خواهد بود.
فهرست مطالب
- Python and the اطراف آن محیط زیست نرم افزار
- استفاده از کتابخانه های پردازش داده: numpy، pandas، arrow و zarr
- توالییابی نسل بعدی
- پردازش دادههای NGS پیشرفته
- کار با ژنوم
- ژنتیک جمعیت
- فیلوژنتیک
- استفاده از بانک اطلاعات پروتئین
- خطوط لوله بیوانفورماتیک
- آموزش ماشینی برای بیوانفورماتیک
- موازی پردازش با Dask
- برنامه نویسی عملکردی و ناهمزمان
tag : دانلود کتاب بیوانفورماتیک با کتاب آشپزی پایتون: استفاده از کتابخانهها و برنامههای کاربردی مدرن پایتون برای حل مسائل زیستشناسی محاسباتی دنیای واقعی، ویرایش سوم , Download بیوانفورماتیک با کتاب آشپزی پایتون: استفاده از کتابخانهها و برنامههای کاربردی مدرن پایتون برای حل مسائل زیستشناسی محاسباتی دنیای واقعی، ویرایش سوم , دانلود بیوانفورماتیک با کتاب آشپزی پایتون: استفاده از کتابخانهها و برنامههای کاربردی مدرن پایتون برای حل مسائل زیستشناسی محاسباتی دنیای واقعی، ویرایش سوم , Download Bioinformatics with Python Cookbook: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems, 3rd Edition Book , بیوانفورماتیک با کتاب آشپزی پایتون: استفاده از کتابخانهها و برنامههای کاربردی مدرن پایتون برای حل مسائل زیستشناسی محاسباتی دنیای واقعی، ویرایش سوم دانلود , buy بیوانفورماتیک با کتاب آشپزی پایتون: استفاده از کتابخانهها و برنامههای کاربردی مدرن پایتون برای حل مسائل زیستشناسی محاسباتی دنیای واقعی، ویرایش سوم , خرید کتاب بیوانفورماتیک با کتاب آشپزی پایتون: استفاده از کتابخانهها و برنامههای کاربردی مدرن پایتون برای حل مسائل زیستشناسی محاسباتی دنیای واقعی، ویرایش سوم , دانلود کتاب Bioinformatics with Python Cookbook: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems, 3rd Edition , کتاب Bioinformatics with Python Cookbook: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems, 3rd Edition , دانلود Bioinformatics with Python Cookbook: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems, 3rd Edition , خرید Bioinformatics with Python Cookbook: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems, 3rd Edition , خرید کتاب Bioinformatics with Python Cookbook: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems, 3rd Edition ,
نقد و بررسیها
هنوز بررسیای ثبت نشده است.