توضیحات
Advances in RNA-sequencing (RNA-seq) technologies have provided an unprecedented opportunity to explore the gene expression landscape across individuals, tissues, and environments by efficiently profiling the RNA sequences present in the samples. When a reference genome sequence or a transcriptome of the sample is available, mapping-based RNA-seq analysis protocols align the RNA-seq reads to the reference sequences, identify novel transcripts, and quantify the abundance of expressed transcripts.The reads that fail to map to the human reference, known as unmapped reads, are a large and often overlooked output of standard RNA-seq analyses. Even in carefully executed experiments, the unmapped reads can comprise a considerable fraction of the complete set of reads produced, and can arise due to technical sequencing produced by low-quality and error-prone copies of the nascent RNA sequence being sampled. Reads can also remain unmapped due to unknown transcripts, recombined B and T cell receptor sequences, A-to-G mismatches from A-to-I RNA editing, trans-splicing, gene fusion, circular RNAs, and the presence of non-host RNA sequences (e.g. bacterial, fungal, and viral organisms). Unmapped reads represent a rich resource for the study of B and T cell receptor repertoires and the human microbiome systemwithout incurring the expense of additional targeted sequencing.This book introduces and describes the Read Origin Protocol (ROP), a tool that identifies the origin of both mapped and unmapped reads. The protocol first identifies human reads using a standard high-throughput algorithm to map them onto a reference genome and transcriptome. After alignment, reads are grouped into genomic (e.g. CDS, UTRs, introns) and repetitive (e.g. SINEs, LINEs, LTRs) categories. The rest of the ROP protocol characterizes the remaining unmapped reads, which failed to map to the human reference sequences.
————————————————————–
ترجمه ماشینی :
پیشرفت های در توالی RNA (RNA-SEQ) فرصتی بی سابقه برای کشف چشم انداز بیان ژن در افراد ، بافت ها و محیط ها با پروفایل کارآمد توالی های RNA موجود در نمونه ها فراهم کرده است. هنگامی که یک توالی ژنوم مرجع یا یک نسخه از نمونه در دسترس است ، پروتکل های تجزیه و تحلیل RNA-SEQ مبتنی بر نقشه برداری ، RNA-SEQ را به توالی های مرجع می خواند ، رونوشت های جدید را شناسایی می کند ، و مقدار فراوانی رونوشت های بیان شده را تعیین می کند. نقشه به مرجع انسانی ، که به عنوان خوانده شده بدون استفاده شناخته می شود ، یک خروجی بزرگ و غالباً نادیده گرفته شده از تجزیه و تحلیل استاندارد RNA-SEQ است. حتی در آزمایشات با دقت اجرا شده ، خواندن های بدون استفاده می توانند بخش قابل توجهی از مجموعه کامل خوانده شده های تولید شده را تشکیل دهند و به دلیل توالی فنی تولید شده توسط نسخه های کم کیفیت و مستعد خطا از توالی RNA نوپا که نمونه برداری می شود ، ایجاد می شود. خوانده شده همچنین می تواند به دلیل رونوشت های ناشناخته ، توالی گیرنده سلول B و T نوترکیب ، عدم تطابق A-G از ویرایش RNA A-I ، ترانس کردن ، همجوشی ژن ، RNA های دایره ای و حضور غیر میزبان ، بدون استفاده باقی بماند. توالی RNA (به عنوان مثال ارگانیسم های باکتریایی ، قارچی و ویروسی). خوانده شده بدون استفاده یک منبع غنی برای مطالعه رپرتورهای گیرنده سلول B و T و سیستم میکروبیوم انسانی با تحمل هزینه توالی هدفمند اضافی است. این کتاب پروتکل منشأ خوانده شده (ROP) را معرفی و توصیف می کند ، ابزاری که منشأ هر دو را مشخص می کند خوانده شده نقشه برداری و بدون استفاده. این پروتکل ابتدا با استفاده از یک الگوریتم استاندارد با توان بالا ، خواندن انسان را مشخص می کند تا آنها را بر روی یک ژنوم مرجع و رونوشت ترسیم کند. پس از تراز ، خوانده می شود به گروههای ژنومی (به عنوان مثال CDS ، UTR ، اینترون) و تکراری (به عنوان مثال Sines ، Lines ، LTRS) گروه بندی می شوند. بقیه پروتکل ROP خوانده های بدون نقشه باقیمانده را مشخص می کند ، که نتوانستند به توالی های مرجع انسانی نقشه برداری کنند.
tag : دانلود کتاب گنجینه های پنهان در توالی RNA معاصر , Download گنجینه های پنهان در توالی RNA معاصر , دانلود گنجینه های پنهان در توالی RNA معاصر , Download Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing Book , گنجینه های پنهان در توالی RNA معاصر دانلود , buy گنجینه های پنهان در توالی RNA معاصر , خرید کتاب گنجینه های پنهان در توالی RNA معاصر , دانلود کتاب Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing , کتاب Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing , دانلود Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing , خرید Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing , خرید کتاب Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing ,
نقد و بررسیها
هنوز بررسیای ثبت نشده است.